元颢自铚县出发，转战进入洛阳，途中共攻占三十二座城池，历经大小四十七场战事。而每一场战之所以都能大获全胜，陈庆之功不可没。哪知元颢忘恩负义，暗生二心，他私下与临淮王元彧、安丰王元延明密谋，想要背叛萧梁，因此对待陈庆之也大不如从前。陈庆之隐约觉得不对劲，于是暗中做好准备，并入朝对元颢说：“我军不足一万人，又远道而来，侥幸得胜。一旦北魏的官民知道我军的虚实，突然发兵怎么办？我们不如立即回萧梁，请求支援！”元颢支吾以对，转告安丰王元延明。元延明严肃地说：“陈庆之才七千人，已经很难对付，如果让他回去添兵，他又怎么肯再为我所用呢？大权一去，我们事事都要看别人的脸色行事，恐怕元氏宗社要自此颠覆了！”元颢于是派使者送奏章到梁廷说：“黄河南北两岸都已荡平，只剩下一个尔朱荣，臣与庆之自能擒住他，陛下不用再添兵劳民了。”陈庆之的副将马佛念，私下对陈庆之说：“将军威行河洛，声震中原。眼下功高势重，极有可能遭到猜忌，随时都有性命危险，所以我们不如趁北魏朝廷没有防备的时候，杀掉元颢，占据洛阳。还请将军把握住这个千载难逢的机会！”陈庆之摇头说：“这个计策太冒险了，恐怕行不通。”
随后传来急报，说尔朱荣军与天穆军会合，正护送元子攸回京，前锋已到河上。陈庆之急忙去见元颢，元颢令他驻守北中城，自己则据守南岸，抵御尔朱荣军。陈庆之率兵迎战，与尔朱荣相持三个月，接仗十一次，伤亡惨重，但没有溃败。尔朱荣随即转变战术，令侄子车骑将军尔朱兆与都督贺拔胜入夜渡江，突袭元颢。元颢被杀得措手不及，大败而逃，爱子元冠受被擒。安庆王元延明等人也纷纷溃退。陈庆之突然失去倚靠，慌忙召集部众撤退。当时，嵩高水暴涨，必须借用船只摆渡，尔朱荣却率大军从后追来，陈庆之的部众急不择路，有的投河溺死，有的沿河逃散，只剩下数十骑跟着陈庆之。陈庆之急忙令随从下马改换装束，自己也把头发、胡须全部剃掉，装扮成一个佛家弟子，从小路逃到汝阴，奔回建康。
元颢逃到临颍，被临颍县的江丰诱杀了。此时，魏主元子攸早已抵达北邙。中军大都督杨津肃清宫禁，召集百官，出城迎驾，涕泣谢罪。元子攸将他们慰劳一番，住进华林园，随即颁诏大赦，加封尔朱荣为天柱大将军，尔朱兆为车骑大将军，元天穆为太宰。所有北来的军士及随驾文武大臣都加官晋爵。临淮王元彧入宫向魏主请罪，元子攸降旨既往不咎。安丰王元延明自觉无颜面见魏主，所以带着妻儿南奔梁朝，不久病死江南。
尔朱荣在京都待了几天，又回到晋阳，派都督贺拔胜镇守中山，又令统军侯渊讨伐葛荣的余党韩楼。第二年，尔朱荣让侄子骠骑将军尔朱天光与左都督贺拔岳、右都督侯莫陈悦率兵讨伐万俟丑奴。没过多久，万俟丑奴、萧宝夤被一同押送到京都。魏主令人先把他们绑在阊阖门外，示众三天，然后才逼令萧宝夤自尽，将万俟丑奴斩首。
宇文泰曾随军讨伐元颢，魏主封他为宁都子。这次宇文泰又随贺拔岳入关讨平万俟丑奴，魏主元子攸当即晋封他为镇西将军。宇文泰平定关陇时，悉心安抚那儿的百姓。百姓互相传告说：“如果能早点遇到宇文君，我们又怎么肯跟着贼人作乱呢？”
尔朱荣接连平定叛乱，不论是勋爵还是威势都越来越显赫，所以他虽居住晋阳，却能操控朝政，而且他的心腹遍布宫廷内外，随时伺察魏主的一举一动。魏主有心振作，不仅将朝政处理得井然有序，还时常与吏部尚书李神隽商议怎么肃清各部，使朝政清明。一天，尔朱荣上奏保荐一人为曲阳县令。李神隽一审查，发觉此人不合格，便将奏章搁置起来。当下，尔朱荣大怒，并擅自调补。李神隽惶恐万分，当即辞官。尔朱荣随即让表弟尔朱世隆代理吏部，并且还想调北方人镇守黄河南岸各州，魏主没有允准。镇守并州的太宰元天穆，竟上奏替尔朱荣说话：“尔将军曾为陛下立下大功，现在更是一国宰相，他如果恳请变易全国的官吏，恐怕陛下也不能违背，更何况他只是调任几个人做州吏而已，陛下为什么不允准呢？”魏主回复说：“尔朱荣如果不是人臣，朕当然得听他的命令；但如果他还懂得为臣之道，怎么会逾越君权，擅自决定百官的升迁、贬黜呢？”元天穆随即转告尔朱荣，尔朱荣当然愤懑不平。尔朱皇后又生性妒嫉，稍遇到不平的事，她就愤恨地说：“陛下是由我家拥立的，他怎么能这么专制呢？我父亲原是想自立为帝，只是没有早些决定而已！”尔朱世隆也说：“要不是大哥不愿做皇帝，我现在早就是王爷了！”魏主在外受到强权大臣的制约，在内又受到皇后的胁迫，因此总是闷闷不乐。
城阳王元徽的王妃是魏主的外甥女，侍中李彧是魏主的妹夫，因此魏主对元徽、李彧二人格外亲信。这两个人也想仗着魏主的宠信得些权力，无奈尔朱氏从中牵制，于是两个人天天在魏主面前诋毁尔朱荣，劝魏主早日除害。侍中杨侃、胶东侯李侃晞，仆射元罗等人也曾参与谋划。魏主也想除掉尔朱荣，只是一时不敢发作。尔朱荣喜欢游猎，寒暑不辍。一天，他让人绘制了一幅《缚虎图》，呈给魏主，说：“臣不想立什么功，只是想北扫汾胡，南平江淮，为陛下统一江山做准备。”魏主见他口气越来越狂傲，对他很是戒备，但表面上仍旧褒奖他的忠诚。
尔朱皇后怀胎九月，将要分娩。尔朱荣上奏恳请入朝，探视皇后。城阳王元徽便对魏主说：“陛下正好可以预先设置埋伏，利用这个机会除掉他。”李侃晞却说：“尔朱荣这次肯定是有备而来，想杀他没那么容易啊！不如先向他的亲党下手，然后发兵相拒。”魏主犹豫不决，密谋却已泄露出去。中书侍郎邢子才等官吏担心受到牵连，相继东去。尔朱世隆也有所耳闻，于是他写了一封匿名信，贴在门上，上面写着“陛下想杀尔朱荣”。不久，他又将那封匿名信送给尔朱荣。尔朱荣自恃强盛，不以为意，并把那封信撕碎，扔在地上说：“世隆真是胆怯，谁敢对我有异心？我偏单骑入朝，看谁敢挠我毛发？”尔朱荣的妻子苦劝不过，只好随着尔朱荣入京。
魏主本想立即对尔朱荣动手，又担心并州的元天穆会伺机发难，因而不得不虚与周旋，优礼相待。尔朱荣入宫与魏主把酒言欢，并借着酒意对魏主说：“外人屡次说陛下疑忌老臣，想杀了老臣。”魏主不等他说完，便接口说：“朕也听到爱臣要加害我的传言。这些谣言无凭无据，我们都不必当真。”尔朱荣喜得连连称谢。后来入宫谒见魏主时，他的随从只有几名，而且都没有带兵器。魏主见他没有要谋反的意思，也就不想杀他了。城阳王元徽却怂恿魏主说：“就算尔朱荣现在不想谋反，也很难保证他将来不会谋反。”魏主于是将元天穆也召回朝，打算一口气除掉他们两个。尔朱荣丝毫没有察觉到魏主的心思，再加上朝臣天天在他面前阿谀吹捧，哄得他心花怒放，扬扬自得。
尔朱荣的小女儿，嫁给魏主兄长的儿子陈留王元宽为妻。尔朱荣曾指着元宽对别人说：“我将来定会得到我这好女婿的帮助！”这话传入宫廷，越发惹得魏主嫌恶。不久，魏主梦见自己拿着一把刀在切自己的十指。醒来后，魏主觉得很是惊惧，元徽替他解梦说：“蝮蛇螫手，壮士断腕，陛下梦见切自己的手指，可能也是出于这种状况。如果陛下能当机立断，便可以逢凶化吉。”魏主于是决定刺杀尔朱荣。
刚巧这天元天穆也回到京城，魏主便邀请他和尔朱荣来西林园，摆酒接风。尔朱荣向魏主提议，令群臣比试射箭，并当面奏请道：“近来有许多大臣不习武，陛下应经常带他们外出打猎，以勉励他们习武。”魏主含糊答应，但心中却越发动疑。第二天，魏主召入中书舍人温子升，问起他董卓的事情。听完后，魏主叹息良久，对温子升说：“你也知道朕的心思，朕明知前面的路不好走，也会硬着头皮往前走，况且最后的结局还不一定呢！如果杀了魁首，赦免他的党羽，我想不至于引发意外的祸端吧。”温子升唯唯应命。魏主随即嘱咐他起草赦免尔朱荣余党的诏书，准备诛杀魁首。温子升领命退去。