宋主刘彧只保有丹阳、淮南几个州郡，形势十分危急。他忙令建安王刘休仁负责征讨各军，任命王玄谟为江州刺史，令他做刘休仁的副手；任命沈攸之为寻阳太守，令他率一万多名士兵屯驻虎槛。刘休仁等人出都西去。才隔几天，东南忽然传来警报，说是会稽太守寻阳王刘子房已进军至永世县。永世县距建康只有几百里，霎时，人人震惧，风鹤惊心。宋主急忙召集群臣商议，蔡兴宗建议说：“如今普天同叛，人人怀有异心，越是这个时候，陛下越要镇定处事，推诚待人。那些留居京中的叛党亲戚，还请陛下立即下诏安定他们，让他们觉得陛下是个可以信赖的仁君，使他们甘心为陛下效命。只要人心安定，再犀利的兵器都算不了什么，陛下哪儿还用得着担心呢？”宋主连声称赞，立即依议施行。
刚过了两天，又有豫州附逆的消息。宋主刘彧再添忧愁，蹙着眉头对蔡兴宗说：“各地还没平定，豫州刺史殷琰又投靠叛军，怎么办？”蔡兴宗却沉稳地说：“臣没空分辨谁投顺谁附逆，但却发现，眼下商旅虽然中断，粮食却很便宜，而且四方兵马虽然正逐渐云集，百姓却丝毫不惊惧，反而十分安定。照这样看来，叛军一定会被荡平。让臣忧虑的不是今日，而是将来。晋朝时的羊祐说真正让君主忧愁的事情都发生在平乱之后，臣觉得他说得很对。”宋主叹道：“希望真如你所说，叛乱很快就被平定。你之前说不要乱杀无辜，朕决定好好安抚豫州刺史的家属，怎么样？”蔡兴宗称赞道：“这真是安定百姓、招纳贤士的好决策呀！”宋主随即令侍臣去抚慰豫州刺史殷琰的家属，令他们劝降殷琰，并派兖州刺史殷孝祖的外甥荀僧韶宣召殷孝祖回朝。
荀僧韶到了兖州，谒见殷孝祖说：“刘子业荒淫残暴，从古至今还没出过几个像他这样的君主。现在，陛下诛杀狂徒，再造河山，不料又有人制造谣言，混淆视听。如果让这样的恶人得逞，你我以及广大黎民百姓又将无辜受难。我知道大人自小就胸怀大志，如果能召集义勇，辅佐朝廷，不但会成为当朝的功臣，还能名垂青史。”殷孝祖听了这番话，奋袂而起，也不顾妻儿，立即率两千名文武僚属随荀僧韶前往建康。
当时，会稽各郡的叛军越逼越近，京都人人忧惧，都想出城逃命。多亏殷孝祖及时赶到，所带的随兵也是雄赳赳的气象，人心这才安定下来。宋主刘彧当即晋封殷孝祖为抚军将军，令他立即前往虎槛督率前锋各军；又任命山阳王刘休祐为豫州刺史，令他督率辅国将军刘勔、宁朔将军吕安国北讨豫州的殷琰；并令巴陵王刘休若率同建威将军沈怀明、尚书张永、辅国将军萧道成东讨会稽郡的孔顗。
殿中御史吴喜恳请去战场效命，宋主便封他为建武将军，令他率一千多名羽林勇士前往军前。吴喜曾出使东吴，由于性情宽厚，颇得百姓的敬爱，此次出兵，他竟自成一路，径直捣向贼巢。吴人听说吴喜到来，多半望风迎降。义兴太守刘延熙正筑栅自固，保郡自守。吴喜长驱直进，一举击毙刘延熙，收复义兴。
义兴兵败的消息传到晋陵，孔顗不寒而栗。宋主又派积射将军江方兴、御史王道隆出击晋陵，大军屡战屡胜，攻克晋陵。叛军纷纷弃郡出逃，吴郡、吴兴、晋州各地也相继荡平。捷书陆续传达宋廷，宋主调张永出兵彭城，江方兴出兵寻阳，令建武将军吴喜与建威将军沈怀明东击会稽。吴喜率兵攻入柳浦，攻克西陵，兵威所至，无不披靡。上虞县令王晏又趁势起兵攻打郡城，孔顗逃往嵴山，会稽郡城内单剩一个寻阳王刘子房。刘子房是刘子勋的弟弟，与刘子勋同年，也是一个乳臭未干的小毛孩，怎么能自保呢？当即就被王晏捉住，押送到建康。王晏又悬赏求取孔顗的首级，没过多久，孔顗就被抓获了，与堂弟孔璪一起被诛杀。
会稽平定，各叛将纷纷乞降，宋主一一恩准。甚至连押解到建康的刘子房，宋主也因他年幼无知，特别宽免，只是将他贬为松滋侯以示惩处。
山阳王刘休祐到了历阳，令刘勔率兵先向小岘进军。殷琰的属下南汝阴太守裴季之慌忙将合肥城献给刘勔。宁朔将军刘怀珍奉宋主之命与龙骧将军王敬则率五千名军兵前来与刘勔会师，一同进讨寿阳。庐江太守刘道蔚被击毙，派去的援军又都溃败逃散，刘勔率军逼近寿阳。殷琰非常惶急，忙与杜叔宝召集散兵，固城自守，但是势孤援绝，势必无法保全了。
张永与萧道成进军彭城，彭城属于徐州的管辖范围，被薛安都占据。薛安都的侄子薛索儿带着太原太守傅灵越夺据睢陵，阻截官军。张永、萧道成两将向睢陵发起进攻，薛索儿战败而死。傅灵越逃往淮西，途中被捕，送到建康。宋主见傅灵越骁勇英武，想免去他的死罪，傅灵越却出言不逊，宋主大怒，当即杀了他。各路大军相继报捷，唯独殷孝祖这路大军受挫，殷孝祖阵亡。原来，殷孝祖到了虎槛，与寻阳太守沈攸之一同进攻赭圻。殷孝祖仗着勇猛，督令部众只许前进，不许后退，耍尽威风。当时，其他将领都料知他威武不了多久。果然，在赭圻之战中，殷孝祖中箭身亡。