皇太极用反间计
努尔哈赤死后的第二年，皇太极亲自率领人马，攻打明军。后金军分兵三路南下，先包围了锦州城。袁崇焕料定皇太极的目标是宁远，决定自己镇守宁远，派部将带领4000骑兵援救锦州。果然，援兵还没出发，皇太极已经派兵来攻打宁远。袁崇焕亲自到城头上督战，用大炮猛轰后金军；城外的明军援军也配合战斗内外夹击，把后金军打跑了。
皇太极把人马调到锦州，但是锦州的明军守得很严密，皇太极只好退兵。
袁崇焕虽然打了胜仗，可是魏忠贤阉党却把功劳记在自己的名下，还责怪袁崇焕没有亲自救锦州是失职。袁崇焕知道魏忠贤有心跟他过不去，就辞了职。
1627年，明熹宗死去，他的弟弟朱由检即位，这就是明思宗，也叫崇祯帝（崇祯是年号）。
崇祯帝早就知道魏忠贤作恶多端，他一即位，就宣布了魏忠贤的罪状，把魏忠贤充军发配到凤阳。魏忠贤在充军的路上自杀了。
崇祯帝又把袁崇焕召回朝廷，提拔他为兵部尚书，负责指挥整个河北、辽东的军事。
袁崇焕重新回到宁远，选拔将才，整顿队伍，士气大振。有一次，东江总兵毛文龙作战不力，虚报军功。袁崇焕使用崇祯赐给他的尚方剑，把毛文龙杀了。