正急着赶往建康的晋王杨广听说高颎已经杀了张丽华，不由得惊愤道：“高公，我一定会重重报答你的！”杨广进入建康后，高颎上前迎接，杨广虽然心里十分憎恨他，但却不露声色，仍然像往常那样慰劳他和将士们，随即安抚百姓，监斩施文庆、沈客卿等人。而后令高颎与元帅府记室裴矩收图籍，封府库。当时，军民都说晋王贤德，哪知他是沽名钓誉，笼络人心。
隋主听说江南已经平定，很是欣慰，当即褒奖各位勇将，并派人告诉陈朝使者许善心：“陈已经灭亡了，你可以向我朝投诚。”许善心不禁大哭，穿着粗布孝服，在客馆西向的台阶下铺了一条草席，端坐在草席上，向东方哭了三天三夜。隋主随即颁诏慰问他，第二天又任命他为通直散骑常侍，并赐给他一件官袍。许善心哭完尽哀，这才回房换衣服，然后出门向北垂泪朝拜，接受隋朝的诏书。第三天早晨，许善心来到大殿谢恩时，又伏在地上哭得悲不自禁。隋主对身边的人说：“我灭掉陈国，真高兴能得到这样一个人，他既然能怀念旧君，将来他一定会是我朝的忠臣。”随即让许善心平身，去门下省上任，许善心泣拜而退。从此，许善心甘愿成为隋朝的臣仆。
此时，陈朝水军都督周罗睺与郢州刺史荀法尚还在坚守江夏；荆州刺史陈慧纪也正派内史吕忠肃进逼巫峡。隋朝秦王杨俊和清河公杨素都被陈军阻住，无法前进。就在两方人马打得一团火热时，建康被困的消息传来，陈军顿时失去斗志。不久，建康平定，隋主让陈叔宝写信招降陈军。周罗睺与将士们大哭三天，而后投降，陈慧纪感叹一番，也向隋军投降了。自此上江平定，巴陵以东，尽为隋朝所有。江州、豫章依次投降，隋朝于是撤去淮南行省，令各将分道前去平定各州郡。陈朝的吴州刺史萧銶料知隋朝容不下自己，因而顽固抵抗，后来被隋朝大将军宇文述率兵擒获。东扬州刺史萧岩慌忙向宇文述投降，宇文述便将他们关在一个囚车里，一同押往长安。隋主杨坚责备他二人负国忘恩，当即下令处斩。
陈顼的第十六个儿子，湘州刺史岳阳王陈叔慎刚刚莅任，城中的将士听说隋军已占据距离湘州不远的荆门，便纷纷打算投降。陈叔慎在厅中设宴，召集文武僚属，举酒对他们说：“君臣大义，能就此扫地吗？”一句话，说得众人禁不住呜咽起来，随即决心和隋军抗争到底。然而一个小小的湘州，能召集多少勇士？隋军见招降失败，一拥而上，湘州当即被攻陷。十八岁的陈叔慎被带到驻扎汉口的秦王杨俊面前，因言辞激烈，当即被杀。
拿下湘州后，隋军继续进军岭南。高凉郡太夫人冼氏恩威并重，深得民心，她的声望甚至传达岭外。因儿子石龙太守冯仆壮年去世，冯仆的儿子冯魂还是一个少年，郡内的大小事务便全赖冼太夫人主持。陈朝被隋朝灭掉以后，岭南的几个郡县便奉冼太夫人为主，称她为圣母，冼太夫人便担当起保境安民的重任。晋王杨广因岭南没有平定，便让陈叔宝致信冼太夫人，劝谕她归附隋朝。冼太夫人于是召集首领商议，众人相对痛哭一阵，最后冼太夫人尊重民意，决定迎接隋使，当即派冯魂率众人迎接隋朝使者。隋军又趁势灭掉逃到岭南的一些顽固的陈朝遗臣。岭南大略平定。隋主封冯魂为仪同三司，册封冼太夫人为宋康郡夫人。衡州司马任瓖劝都督王勇占据岭南，拥立陈氏的子孙为帝。王勇没有采纳这个提议，而是带着部众向隋朝投降，任瓖弃官离去。于是陈朝全境都划入隋朝的版图，陈朝灭亡。陈朝自武帝陈霸先篡位，到陈叔宝投降，共经历五位国君，存在三十二年。
自晋元帝东渡，安居江淮以来，中间历经东晋、宋、齐、梁、陈五朝，共历时二百七十三年，最后被北朝吞并，中国再次统一。唐代的李延寿作《南北史》把隋朝列入北史中，无非是因为隋朝起自北方，脱胎于北周，而后又仅传了一代君主，便被李唐吞灭，所以隋朝属于北史的一部分。
晋王杨广将要凯旋时，奉诏毁平建康的宫阙，鼓励农耕，并在石头城增置一个蒋州。一切布置好后，杨广奏凯还朝，并带走陈叔宝以及他的后宫佳丽、王公大臣。隋主杨坚亲自到骊山慰劳凯旋各军，一同进入长安。在太庙进行献俘礼，礼毕入朝，隋主晋封晋王杨广为太尉。杨广谢恩而出。第二天，隋主杨坚在广阳门外召见陈叔宝等人，先是抚慰他们，接着责备他们君昏臣佞，导致亡国。陈叔宝及王公大臣都惶恐地趴在地上，不敢说一句话。屏息许久，才听到被赦免。陈叔宝叩首谢恩，余众也随着叩谢。陈朝的司空司马消难之前因得罪隋朝而投奔陈朝，此次被俘，隋主杨坚本想治他死罪，但还是赦免了他。不久，又特别召见他。司马消难羞愧不已，再加上一把年纪，不久便过世了。不久，鲁广达也病故了。