朱龄石出发后，刘裕又派中书侍郎朱超石前去抚慰河洛。蒯恩抵达长安，催促刘义真整装东归。刘义真的奇货珍玩非常多，足足收拾了三五天，直到朱龄石赶来，他还没起程。朱龄石一再恳请，他才慢慢悠悠地从长安出发。一路上，他的亲信又不断劫财劫色，行进的速度自然缓慢。途中接连遇险，得到消息的夏兵屡次追杀过来，多亏傅弘之、蒯恩二人奋力断后，刘义真才暂时脱险，然而他仍不肯舍弃辎重。到了青泥，傅弘之、蒯恩力竭被擒。司马毛修之与刘义真失散，正四处寻觅，谁知冤家路窄，竟遇到夏将王买德，毛修之也被擒去。刘义真躲在草垛中，形单影只，极其凄苦。当时，天已昏黑，辨不出路径，刘义自觉凶多吉少。突然听到一阵呼声，声音竟然十分耳熟，刘义真连忙匍匐出来，一看是参军段宏，喜极而泣。段宏将刘义真捆在背上，策马飞奔，逃离青泥。
赫连勃勃进攻长安，长安百姓驱逐朱龄石。朱龄石焚去宫殿，奔往潼关，途中被赫连昌擒住。朱龄石的弟弟朱超石赶往蒲阪，打探兄长的消息，结果也被夏军抓获，送到赫连勃勃军前，后来与兄长一道奔赴黄泉。赫连勃勃听说傅弘之骁勇，让他投降，傅弘之不肯屈服。赫连勃勃便扒掉傅弘之的衣服，把他扔到雪窖中，傅弘之叫骂而死。赫连勃勃随即攻入长安，占据关中。
刘裕得到青泥战败的消息，又不知刘义真的死活，愤恨地想立即出师。侍中谢晦等人一番苦劝，他就是不听。不久，段宏飞奔而回，说刘义真已被救出。刘裕这才打消发兵的念头，只是登城北望，慨然流涕。刘义真回到彭城，晋廷贬黜他为建威将军兼任司州刺史，升任段宏为黄门郎。刘裕将刘遵考召回，令毛德祖前去接替，退守虎牢。随后，听说赫连勃勃称帝，刘裕也不禁雄心思逞，想做个江南天子，以度遗年。于是，相国、宋公的荣封，刘裕受了；九锡殊礼，他也领了；并尊继母萧氏为宋公太妃，封世子刘义符为中军将军。任命太尉军咨祭酒孔靖为宋国尚书令，青州刺史檀祗为领军将军，左长史王弘为仆射，从事中郎傅亮、蔡廓为侍中，谢晦为右卫将军右长史，郑鲜之为参军，殷景仁为秘书郎。其他的僚属都依晋朝制度分封，差不多成了晋宋分邦。孔靖不愿受职，慨然辞去。
接下来，刘裕就为自己的大事做准备了。什么大事？当然是篡位的大事。刘裕密嘱中书侍郎王韶之入都贿通内侍，让他伺机对晋安帝下毒。晋安帝的弟弟琅玡王司马德文，谒陵回京都后，见刘裕权位日隆，怕他会进逼晋安帝，因此随时留心防备。司马德文每天入宫仔细检查，就是晋安帝的饮食，他也总是先尝，然后才让晋安帝用膳。王韶之等人无隙可乘，晋安帝得以苟活几天。也许是晋安帝命数该绝，司马德文竟无故生病，不得不在宫外的府第休养，王韶之伺机指挥内侍勒死晋安帝。
当下，宫中传出晋安帝暴毙的消息，并传出一道遗诏，奉请司马德文继位。司马德文明知有变，无奈宫廷内外都是刘裕的爪牙，只好得过且过，登上帝位。史家称之为晋恭帝。第二年，司马德文改晋安帝元兴年号，称为元熙元年，册立王妃褚氏为皇后，大赦天下，加封百官。晋封刘裕为宋王，又加赐他十个州郡。刘裕这次全部受封，并将幕府迁到寿阳，又令朝臣代他向恭帝申请加赐殊礼。晋恭帝不敢怠慢，立即允准刘裕佩戴帝王礼冠，建天子旌旗，拥有天子规格的仪仗。刘裕当即封王太妃为太后，世子为太子，居然与晋廷无二。
勉强过了一年，刘裕已六十五岁，自思来日无多，急欲篡位。一时又不好开口，只得宴饮群臣，向他们暗示自己的心思。酒至半酣，刘裕捋着胡须，慢慢说：“桓玄谋权篡国，我倡义复兴，平定四海，功成业著，这才敢接受九锡礼。但是，现在我已老迈，这备极尊荣的地位让我觉得很不安，我想奉还爵位，归老京师，你们觉得怎么样？”群臣听了，摸不着头脑，只得随口敷衍，把功德巍巍、福寿绵绵之类的话说了一大堆，刘裕不但没有一丝喜悦，反而流露出一种惆怅的情绪。群臣始终不解，挨到日暮撤席，才各自散去。
中书令傅亮到了门外，才恍然大悟道：“我懂了！”随即又转身进去，谒见刘裕说：“臣应该暂时回京。”刘裕不禁点头，面露喜色。傅亮知道自己已猜中刘裕的心意，当即告辞出门。抬头一看，竟发现天空中出现一颗长星，光芒烛天，傅亮拍着大腿长叹道：“我以前不信天文，现在才知道天象真会应验啊！”第二天，他就急匆匆地赶回京都。
刘裕遣走傅亮后，就安心等着好消息。过了几日，果然有圣旨召他回京。刘裕令四子刘义康镇守寿阳，任命参军刘湛为长史，裁决府事，然后带着亲军即日起程。刘裕刚到京师，傅亮已纠集满朝文武逼迫晋恭帝禅位，并将早已拟好的诏书呈给晋恭帝。晋恭帝看完后，对身边的亲信说：“桓玄跋扈，我晋朝已经失去天下，全靠刘公仗义兴师，我朝才得以延续到现在。我早知会有今天，就是禅位也甘心！”随即提笔写下令刘裕受禅的诏书，并于第二天昭告天下。光禄大夫谢澹、尚书刘宣范当即将御玺捧送给宋王刘裕。
刘裕又上奏推辞，装出一副谦恭的模样。那时，晋恭帝已被逼出宫，退居琅玡王旧宅。百官送旧迎新，扬扬得意，唯独秘书监徐广面带哀愁。刘裕三揖三让，装腔作势了一番，然后才在南郊登坛，祭告天地。回宫后，刘裕驾御太极殿，接受百官的朝贺，大赦天下，改晋元熙二年为宋永初元年。册封晋恭帝为零陵王，令他迁居秣陵城，并让将军刘遵考率兵监管。