司马休之、鲁宗之、韩延之等人本来投奔后秦。后秦被晋朝灭掉以前，鲁宗之已死，司马休之等人则见机逃到北魏，并在北魏做了官。刘裕灭掉后秦，搜查几天，始终没有发现他们，只好罢休。晋廷已先后派琅玡王司马德文与司空王恢之先后赶赴洛阳修谒五陵。刘裕想上奏请求将都城迁到洛阳，王仲德劝他说：“将士们在外作战已久，个个疲惫不堪，归家心切，迁都之事还是缓些进行吧。”刘裕只好暂时打消迁都的念头。晋廷已加封刘裕为相国，令他管理百官，处理朝事，并赐给他十个州郡，封他为宋公，刘裕仍假装推辞。晋安帝于是封他为王，又赐给他十个州郡，刘裕还是上奏推辞。刘裕正想进军西北，忽然京中递来急报，竟是前将军刘穆之得病身亡的消息。刘裕心中不禁悲痛，流下数行泪。
刘穆之是刘裕的心腹。自刘裕西征后，刘穆之内总朝政，外供军需，决策时刚毅果断，大小事情都处理得恰到好处。属吏抱来的奏章堆满了一屋子，刘穆之目览耳听，手批口酬，不用多久就全部处理完了。刘穆之平时喜欢结交名士，常常是宾客满堂，对答时没有一丝倦容。刘穆之只在饮食方面比较奢华，即便是他一个人吃饭，也常常是满桌子的山珍海味。一次，他对刘裕说：“我出身贫贱，差点连自己都养不活，要不是遇到您，我哪有今天的荣华富贵。我知道您对我每天的奢侈饭食不满，但除了这点我让你失望以外，其他方面，我一丝一毫也不敢辜负您。”刘裕当然笑着应允，对刘穆之始终信而不疑。每次出师，无论国事还是家事，刘裕全部委托他处理，刘穆之也极尽心力，勉力报效。不久，晋安帝降旨，赐给刘裕九锡礼，刘穆之异常惊异，因为他竟不曾知晓这件事。后来，了解到是刘裕密派行营长史王弘，向安帝婉转恳请九锡礼，刘穆之因自己不曾参与此事而深感愧疚。不久，愧惧成疾，竟然逝世。
刘裕失去一位贤才，自然不放心国内。于是决意东归，随即封二子刘义真为安西将军，令他督管雍、梁、秦州军事，镇守关中。刘义真当时只是一个十三岁的小孩子，刘裕任命咨议将军王修为长史，王镇恶为司马，沈田子、毛德祖、傅弘之为参军从事，令他们辅佐刘义真。三秦父老听说刘裕整装欲返，都跑到他的营房，哭着挽留说：“这里的汉民饱受胡人的压迫已一百多年，今天能有幸再次目睹汉仪，大家都十分高兴。长安十陵是汉室的祖墓，咸阳宫阙是汉室的旧宅，公舍弃这里，还能去哪儿啊？”刘裕也黯然泣下，劝慰他们说：“我受命于朝廷，不得擅自留在此处，我深感你们的诚意，所以让儿子刘义真及文武贤才留在这里，守护你们。你们就安心在这里生活吧！”众人听了这话才退去。
沈田子嫉妒王镇恶，经常对刘裕说：“王镇恶的家人都在关中，很难保证他不会叛变。”刘裕只是好言劝慰沈田子。一天，沈田子又与傅弘之一同劝谏刘裕。刘裕叹道：“古人说‘猛兽不如群狐’。我留下你们十几位文武将才，令你们统帅一万多名士兵，却没想到你们还怕一个王镇恶？”说完，随即起程。
当时后秦西北，有一座统万城，是夏主赫连勃勃的领地。赫连勃勃原本姓刘，父亲名叫卫辰，曾建立牙代他。后来刘卫辰被北魏杀死，刘勃勃逃到后秦，后秦任命他为安北将军，令他镇守北部。秦魏通好以后，刘勃勃背着后秦自称夏王，将姓氏改为赫连氏，并屡次骚扰后秦边疆。刘裕攻打后秦的消息传来时，赫连勃勃对群臣说：“刘裕这次肯定能拿下关中，但不会久留，如果他让儿子及将吏留守关中的话，那么关中必定是我们的囊中之物！”随即秣马厉兵，进据安定，降服岭北郡县。刘裕曾致信赫连勃勃，想和他结为兄弟，赫连勃勃含糊答复。不久，刘裕仓促东归，赫连勃勃立即令儿子赫连璝率两万名士兵向长安进发，令前将军赫连昌出兵潼关，长史王买德率兵攻打青泥，自率大军做后援。
关中守将沈田子与傅弘之督兵出击，听说夏兵声势浩大，二人不敢前进，退守留回堡。沈田子派使者向王镇恶求援，王镇恶对王修说：“刘公将十岁幼儿托付给我们，我们应该竭力辅佐。现在大敌当前，我军却拥兵不进，以后怎么退敌呢？”随即令来使回去，然后亲自率部将赶去支援。沈田子得知后，越发憎恨王镇恶，于是假意邀请他商议军事，伺机将他杀害。
傅弘之非常惊惧，跑回去告诉刘义真，刘义真急忙召来王修商议。王修当即在城外设下埋伏，当沈田子带着亲信前来，然后将他们一网打尽。王修斥责沈田子擅自杀害大将，当即将他斩首。而后任命冠军将军毛修之为安西司马，令他与傅弘之一同出城迎战。晋军大胜赫连璝于池阳，随后大破夏兵于寡妇渡，斩杀无数敌将，夏军撤退。
刘裕回到彭城，还没来得及入朝，便听说王镇恶遇害。他当即上奏恳请追封王镇恶为左将军青州刺史；任命彭城内史刘遵考为并州刺史，兼任河东太守，镇守蒲阪；任命荆州刺史刘道怜为徐、兖二州刺史，调任徐州刺史刘义隆为荆州刺史，令到彦之、张邵、王昙首、王华等人为参佐。刘义隆年少，府事都由张邵裁决。刘裕又召来刘义隆，对他说：“王昙首器宇深沉，是宰相之才。你记住不管遇到什么事，都要去咨询他。”刘义隆应命而去。
忽然，关中又传来急报，说长安大乱，夏兵四逼，这位雄才大略的刘寄奴顿时惶急起来。原来，刘义真年少好玩，喜欢亲近同龄人，又滥赏无度。王修经常劝谏刘义真，并限制刘义真赏赐他人。没想到，一些小人对刘义真吹耳旁风：“王镇恶想谋反，结果被沈田子杀掉，王修又杀掉沈田子，难道他就不想谋反？”久而久之，刘义真便相信了那些谗言，随即让亲信除掉王修。王修一死，夏兵伺机进兵，直逼长安。刘义真又悔又恨，慌忙让人回国求援。刘裕急忙令辅国将军蒯恩率兵速去救援，并召刘义真回国；又任命右司马朱龄石为雍州刺史，令他代为镇守关中。朱龄石临行时，刘裕对他说：“你抵达长安后，告诉义真，务必轻装速发，到了关外再慢慢行进。如果关右实在守不住了，你就和义真一起回来。”