刘裕任命司马休之为荆州刺史，令他随同前往，并令参军王镇恶、龙骧，将军蒯恩率领前队军士，袭击江陵。王镇恶率领一百多艘战船昼夜兼程，打着刘藩的旗号，直达豫章口。荆州人还没收到刘藩的死讯，以为是刘藩西来，丝毫没有防备。王镇恶舍舟登岸，径直奔往江陵城。刘毅探悉实情，当即下令关闭城门，谁知城门还没来得及关上，兵士还没披上铠甲，王镇恶已闯入城中，全城顿时鼎沸。刘毅率数百亲兵杀出城去，到佛寺投宿，寺僧不肯收纳他。无奈之下，刘毅自缢身亡。王镇恶搜到刘毅的尸首，将他的头颅砍下示众，并杀掉他的族人。
过了几天，刘裕军抵达江陵，杀死郗僧施，赦免毛修之，又调整了赋税，并抚慰人心，荆民大悦。荆州刺史司马休之上任，刘裕立即率大军返回京师。
西行时，刘裕曾令豫州刺史诸葛长民监管太尉军府，处理内部事务，又任命刘穆之为建威将军，辅佐诸葛长民。诸葛长民听说刘毅被杀，便私下对亲属说：“昨天杀彭越，今天斩韩信，恐怕我们也将大祸临头了！”诸葛长民的弟弟诸葛黎民说：“刘氏灭亡，诸葛氏怎么可能幸免于难？我们最好趁刘裕还没回来，赶紧起事！”诸葛长民犹豫不决，偷偷问刘穆之说：“有人说太尉对我不满，他为什么对我不满呢？”刘穆之说：“刘公远征，将家人托付给你照顾，如果他猜忌你的话，怎么会把家人托付给你？”
诸葛长民还是不放心，又致信冀州刺史刘敬宣，劝他共谋富贵。刘敬宣竟然将信件交给刘裕，刘裕随即放出消息，说将抵达京都。诸葛长民于是天天出城恭候，却不见刘裕回来。不料，刘裕半夜入京，回到府第，除了刘穆之外，无人知晓。第二天天刚亮，刘裕就升堂处理京中之事，诸葛长民这才得到消息，惊慌地赶来谒见刘裕。刘裕忙下堂迎接诸葛长民，并喝退堂上其他的人，与诸葛长民握手言欢。诸葛长民渐渐放松警惕，刚想告辞，帐后突然窜出一名壮士，一把抓住他，把他勒死了。诸葛长民的弟弟诸葛黎民、诸葛幼民以及堂弟诸葛秀之相继被斩首。
当时，京都流传一句话：“别嚣张，小心把你交给丁旿。”为什么京都会流传这么一句话呢？原来，刘裕府中埋伏着的壮士叫丁旿。勒死诸葛长民，击毙善斗的诸葛黎民，都是丁旿。众人畏惧他的强悍，所以才有这句话。
刘裕灭掉诸葛氏后，任命朱龄石为益州刺史，令他与宁朔将军臧熹、河间太守蒯恩、下邳太守刘钟率两万大军讨伐西蜀。当时许多人都说朱龄石威望太浅，难当重任，刘裕却力排众议说：“龄石文武全才，此去必能成功。你们要是不信，以后便知！”当下召来朱龄石，和他密谈了几句，又交给他一封锦函，上面写着：“到了白帝城再打开”。朱龄石随即出都，逆江西行。各位将领也不知道朱龄石究竟怎么进攻，只是一路跟着他晓行夜宿。到了白帝城，朱龄石才打开锦函，拿出信函，只见上面写着：
众军从外水攻取成都，臧熹从中水攻打广汉，老弱兵士乘高舰从内水前往黄虎，全军速战速决。违令者斩！
原来，从前刘敬宣讨伐谯纵时，取道黄虎，结果无功而返。此次，刘裕令众军取道外水，是吸取上次的教训。又怕谯纵预料到，所以刘裕特意令朱龄石派老弱士兵走内水，作为疑兵，牵制敌人；又令臧熹从中水进军，无非也是分散敌军的兵力。蜀王谯纵果然怀疑晋军仍然取道黄虎，急忙派谯道福驻守涪城，严防内水。那时，朱龄石已自外水趋往平模，距成都城只有两百里。谯纵得到情报后，忙派秦州刺史侯晖、尚书仆射谯诜率一万多名贼众驻守在平模对岸，筑城据守。
当时正值盛夏，赤日炎炎。朱龄石有些踌躇，对刘钟说：“现在天气这么热，贼众据险自固，我军不容易攻入。我想先养精蓄锐，再伺机发兵，你认为怎么样？”刘钟回答道：“这就错了！我们专门派老弱士兵从内水进军，迷惑敌人，使得谯道福驻守涪城。侯晖等人虽然前来抵抗，但十分惊慌，我军如果趁他们惊疑未定时全力进攻，相信一定能够取胜。平模一被攻克，我军乘胜杀过去，谯纵自然守不住成都。相反，如果我军就此裹足不前，反而会暴露我军的虚实。一旦谯纵调谯道福军赶来援应，我军既不能进，又不能退，师衰食绝，两万人都将成为蜀虏！”朱龄石惊愕道：“幸亏你点醒我，我差点误了大事！”随即麾兵齐进，才半天就拿下平模。臧熹也从中水趋入，一路过关斩将，占据广汉。两军会师，直逼成都，势如破竹。
谯纵接连收到兵败的消息，吓得魂飞天外，急忙弃城出逃。他十五岁的女儿哭着劝他说：“逃跑也难免一死，只能自取其辱，不如到先人墓前，一死了事。”谯纵不听，拜辞先人墓，掉头就走了。他的女儿竟撞死在墓旁。谯道福听说平模失守，忙从涪城回军救援，途中与谯纵相遇，见到谯纵狼狈的模样，不禁愤恨地说道：“你怎么能这么轻易放弃好不容易才建立起来的功业？人生总有一死，有什么好畏怯的？”随即拔剑掷向谯纵，正中马鞍。谯纵慌忙逃避，后来见身边的侍卫都已经离散，只好解带自缢。王志斩下他的首级，献给了朱龄石。
谯道福犒赏军士，打算背水一战，可是军士得了赏银，仍然散去。谯道福孑身远逃，被当地人送到朱龄石军前，斩首示众。入城后，朱龄石只杀了谯纵的亲属，其他人一概不问罪。捷报传到京城，晋廷令朱龄石监管梁、秦州六郡军事，赐封他为丰城县侯爵。