在蔡洲静驻了好几天，卢循、徐道复见石头城畔的军容井然有序，没有一丝慌乱，不禁有些后悔，忙派发十多艘战舰攻打石头城外的防护栅栏。刘裕下令用神臂弓迎敌，一发数箭，敌船无不摧毁，卢循只好退去。不久，卢循用调虎离山之计，攻扑石头城，但仍旧碰壁；转攻各郡，各郡守都早已加固壁垒。卢循见毫无所得，便对徐道复说：“我军已疲惫不堪，不如退据寻阳，合力攻取荆州，然后再来谋取建康吧。”随即令贼党范崇民率五千名士兵据守南陵，大军则退往寻阳。
晋廷封刘裕为太尉中书监，并赐给他一把黄钺。刘裕随即保荐王仲德为辅国将军，刘钟为广川太守，蒯恩为河间太守。让他们与谘议参军孟怀玉率兵追击贼众，自己则操练水军，广修战舰。楼船一修成，刘裕便令将军孙处、沈田子率领一百多艘战舰走海路，径直奔往番禺，直捣卢循的老巢。各位将领认为海路迂远，也十分艰险，并且容易分散兵力。刘裕笑而不答，只是嘱咐孙处说：“十二月大军必破妖虏。你们先捣破贼巢，使他们走投无路，到那时，贼人自然手到擒来！”孙处等人只好领命而去。
卢循回到寻阳想方设法联络谯纵，约他夹攻荆州。谯纵当即答应，并向后秦求援。秦主姚兴封谯纵为大都督，兼相国、蜀王，并调桓谦协助他。谯纵任命桓谦为荆州刺史，谯道福为梁州刺史，令二人率两万多名士兵入侵荆州。后秦将军苟林也奉秦主姚兴之命率骑兵赶来会师。一时间，卢循声势十分浩大。
卢循率兵东下时，荆、扬二州有些闭塞，还不知道这一消息。当卢循退而攻打荆州时，荆州刺史刘道规正派司马王镇之前去，会合天门太守檀道济、广武将军到彦之，一同去援救建康。途中，王镇之突然遭到后秦将军苟林与卢循的夹击，一阵拼杀，王镇之败退。卢循重重犒赏秦军，令苟林进攻江陵，苟林随即入驻江津。桓谦也召集两万贼众，进据枝江。敌众两路大军交逼，江陵大震，城中的兵民大多怀着观望的心态。刘道规默察民情，索性大开城门，令士兵自行选择去留，同时严阵等待敌寇。士兵不禁惮服，没有一个人出逃，城中十分安定。
当时，鲁宗之已升任雍州刺史，自襄阳率兵前来支援荆州。有人说鲁宗之不安好心，刘道规却毫不在意。他不但单骑出城，将鲁宗之迎入城中，与他开怀畅谈，甚至还让他留守荆州城，自己则亲自带兵出击，讨伐贼人。大军水陆并进，在枝江击毙桓谦，苟林闻风而逃。参军刘遵奉刘道规之命追击，在巴陵一带击毙苟林。
刘道规返回江陵，刚送走鲁宗之，就收到徐道复率领三万士兵长驱而来的消息。当时，已经来不及追回鲁宗之军，刘道规只得部署各军，准备迎战。碰巧刘遵得胜而归，于是一前一后的两支军队，杀得轻敌的徐道复大败，逃回湓口。江陵转危为安。
刘裕听说江陵无恙，贼众连吃败仗，便令刘毅监管太尉府，全权处理府内事务，然后亲自率领刘藩、檀韶等将领南讨贼党。大军刚出发，便接到王仲德的捷报，说已赶走悍贼范崇民，夺回南陵。刘裕很是欣慰，当即赶到南陵城与王仲德会师，进军雷池。在雷池一带，刘裕军杀得卢循孤舟窜往番禺，徐道复退守始兴。晋将军刘藩、孟怀玉不依不饶，继续追剿卢、徐两贼，刘裕则率余军凯旋而归。晋安帝要封刘裕为大将军、扬州牧，并赏他二十名仪卫，刘裕推辞说：“卢循、徐道复两贼还没有除掉，臣怎么能接受陛下的封赏？”晋安帝于是收回成命。
在逃亡途中，卢循一路上召集了不下万人的残众，准备退回番禺。徐道复也召集兵马，退守始兴。只是始兴虽然安然无恙，番禺却早已落入晋军手中。卢循听说巢穴已被攻破，惊慌失措，忙率部众与晋军争抢番禺，却被晋将军孙处、沈田子、刘藩击败。卢循慌忙逃往南方的交州，最后在晋军的堵截中投水自尽。徐道复也被孟怀玉斩杀。南方逆党，至此都被荡平。
不久，荆州刺史刘道规因病请求离职。晋廷派刘毅前往荆州继任刺史，调任刘道规为豫州刺史。刘道规在荆州数年，秋毫无犯，体恤百姓，没想到调到豫州不久，就病逝了。荆州人得知，都垂泪不已，很是伤心。
刘毅自豫州战败后，虽然在刘裕面前谦逊不少，但心里却越发猜忌他。刘裕向来不善舞文弄墨，刘毅却很有文才，所以朝中词臣都喜欢与刘毅交往。仆射谢混、丹阳尹郗僧施与刘毅往来尤为密切。刘毅出任荆州刺史后，将刘道规之前施行的政策尽改无遗，又将豫州文武旧吏调到荆州，安置在自己麾下；并上奏要求兼管交广，任命郗僧施为南蛮校尉，毛修之为南郡太守。
刘裕一一照允，将军胡藩说：“公以为刘将军会一直屈服于你吗？”刘裕沉思半晌，才问道：“什么意思？”胡藩回答说：“公统领百万雄师，战必胜，攻必取，刘毅原是自愧不如；但如果谈及文才，一谈一咏，刘毅却自命为豪雄。最近，有许多文士争相归附他，我担心刘毅未必甘心一直屈居于公之下。”刘裕微笑着说：“我与刘毅同心协力规复朝廷，他有功无过，我怎么能无故陷害他？”胡藩默然退去。
刘裕因刘毅的堂弟刘藩讨逆有功，提拔刘藩为兖州刺史，令他镇守广陵。不久，刘毅身患疾病，郗僧施便劝他上奏，请求调任刘藩为荆州副帅，刘毅当即照做。刘裕这才有些提防刘毅，假意允准刘毅的请求，召刘藩入朝。刘藩自广陵进入京都，刚到宫阙门外，便被逮入大牢。刘裕又向晋安帝诬告说：“刘毅、刘藩两兄弟与仆射谢混图谋不轨，请陛下立即下令赐死谢混、刘藩，讨伐刘毅！”晋安帝不经调查便下诏允准。刘裕立刻召集各军，准备西征。