不久，隋炀帝返回涿郡，发兵四逼，令武贲郎将陈稜攻打黎阳，武卫将军屈突通进逼河阳，左翊卫大将军宇文述继进，右骁卫大将军来护儿又从东莱援应，就是两战两败的卫文升也收拾余众，屯驻邙山南面，与杨玄感一天数斗。杨玄感的弟弟杨玄挺伤势过重，死在军中。杨玄感这才有些惊惧，又听说屈突通的兵马即将杀到，他忙依李子雄的计策发兵拦阻通晓军事的屈突通过河，偏偏东都樊子盖又出兵骚扰。眼看着屈突通率领大军长驱而来，于是东有屈突通，西有卫文升，再加上樊子盖的夹攻，三路动手，就算杨玄感再怎么骁勇，也招架不住，三战三败，无法支持。杨玄感又向李子雄问计，李子雄建议攻打关中。杨玄感当即引军西行，不料途中他因贪图近利，而停止前进，攻打弘农宫，急得李密直叹气。三天后，屈突通、宇文述等人率大军陆续追来，杨玄感不得不撤退，边战边行。路过董杜原时，追兵围困杨军，杨玄感大败，仅率十几名骑兵窜入林木间。辗转到葭芦戍，杨玄感饥渴交迫，自知难免一死，回头一看，只剩弟弟杨积善一人。杨玄感哭着对弟弟说：“一败至此，我还能说什么？我不能忍受别人的侮辱，你杀了我吧。”杨积善一时无法狠下心来，忽然见后面尘头大起，料知又有官军追来，他忙抽刀砍死杨玄感，准备自杀，偏偏手颤刀落，只能由着已经逼到面前的追兵带走。杨玄感的弟弟中，只有杨玄纵逃脱，但不知下落；而杨玄感的朋党中，只有李密一人逃去。
隋炀帝还想杀尽杨玄感的党羽，令大理卿郑善果到东都从严勘查。郑善果不管三七二十一，只要和杨玄感有牵连，他便下令斩杀。一时间，竟有三万多人遇害。跟随隋炀帝东征的兵部侍郎斛斯政，因曾与杨玄感暗地通谋，忙逃入高丽。斛斯政与弘化留守元弘嗣是姻亲关系，隋炀帝因斛斯政逃亡，便也怀疑起元弘嗣，当即令卫尉少卿李渊去捉拿元弘嗣。元弘嗣入狱后，李渊担任弘化留守。卫尉少卿李渊是陇西郡成纪人，表字叔德，生得仪表堂堂，气宇不凡。他的祖父就是西凉武昭王李嵩的七世孙，名叫李虎。李虎因辅助宇文氏创建北周天下，得到大野氏的赐姓，死后还被追封为唐公，他的儿子李鄅袭爵。李渊承袭父亲李鄅唐公的爵位，在朝中担任卫尉少卿一职。李渊留守弘化，便是唐朝发展的初基。隋炀帝又怎么能预料后事呢？他以为李渊忠心耿直，便挑选他外出任职。那时，李渊也确实效忠，依诏奉行。
隋炀帝从涿郡安安稳稳地到了长安，但全国的盗贼仍是此起彼伏。追剿了一段时间“伪天子”、“假弥勒”，隋炀帝又记挂起自己的东征了。面对闹得不可开交的内乱，隋炀帝却以为是刁民作乱，不足为患，仍旧下诏征天下军兵东征，群臣都不敢进谏。
大业十年仲春，隋炀帝再次前往涿郡，一路上士兵相继逃亡。好不容易到了怀远镇，已是夏尽秋来，前锋来护儿率兵在卑沙城大破高丽兵。高丽兵败奔平壤，来护儿当然追逼，途中遇到前来请降的高丽使者，说是愿意送还斛斯政。来护儿忙请示隋炀帝，隋炀帝大喜，当即令他带着斛斯政班师。来护儿、高丽使臣、斛斯政一到涿郡，隋炀帝立即令将士奏凯入关，随后将罪犯斛斯政献告太庙。大将军宇文述上奏说：“斛斯政犯了谋逆、叛国的大罪，为天地所不容，为人神所共弃，如果只照国法处死，陛下怎么能惩戒乱贼呢？还请陛下变例处置！”隋炀帝允准，先让人把斛斯政押出金光门，捆绑在柱子上，令公卿百僚轮流放箭，等到斛斯政被射成刺猬，再让人肢解尸体，最后割肉烹煮，把烹煮好的肉分给百官。百官大多暗地抛掉，只有几个佞臣媚吏捧着肉大嚼大咽。高丽使臣带着隋主的谕旨回国。隋炀帝等了好久，始终不见高丽国王朝贡，便再次令将帅整顿兵马，更图后举，但也是有名无实，随口说说而已。
国内越来越纷乱，隋炀帝仍不以为意，又想离开长安，巡幸东都。太史令庾质谏阻他说：“三次伐辽，使得民生凋敝，陛下此时应镇抚关内，让百姓把全副心思放在农桑上面。三、五年后，百姓的生活稍微丰实些，陛下再出巡东都比较好。”隋炀帝听后十分不舒服，决心东幸。庾质便借口身体不适，不肯随行，隋炀帝大怒，当即把他打入监狱，让他饿死。一回到东都，三千粉黛又各使出狐媚手段，挑逗隋炀帝。隋炀帝当然愿意长醉温柔乡里。
大业十一年，江都丞王世充与齐郡丞张须陁大破齐郡贼人孟让，并扫平余贼。隋炀帝高兴地封王世充为江都通守，张须陁为河南讨捕大使。不久，又有涿郡人卢明月作乱，张须陁在得力战将罗士信与秦琼的辅助下大破卢明月的十万大军，再次立功。