魏主元恭出宫抚慰，高欢竟令军士把魏主软禁在崇训寺中，然后提着剑直奔后宫，打算杀掉两位尔朱皇后。从前魏主元子攸曾册立尔朱荣的女儿为皇后，后来魏主元恭又册立尔朱兆的女儿为皇后，所以宫中有大尔朱皇后、小尔朱皇后之分。尔朱兆进入洛阳时，曾恣意污辱嫔妃、公主。只因大尔朱皇后是他的堂妹，他便妥为安排，仍让她居住在中宫。广陵王元恭入承大统时，大尔朱皇后还留在宫中。不久，尔朱兆的女儿也成了皇后，她与大尔朱皇后是姑侄关系，二人亲上加亲，格外亲昵，自然不愿分离。偏偏高欢发难，把尔朱氏扫得精光，尔朱氏死的死，逃的逃，单剩姑侄二人在宫中彷徨，相对落泪。不料魏主元恭又被劫走，弄得这位小尔朱皇后越发惊骇，忙到大尔朱皇后的寝宫哭诉，不胜凄婉。大尔朱皇后也触动愁肠，潸然泪下。
彼此正呜咽时，忽然有宫人慌张地跑进来喊道：“不好了！不好了！高王来了！”这话还没说完，小尔朱皇后已吓得抖作一团，面无血色。还是大尔朱皇后年长，稍微镇定些，收住泪珠儿，端坐榻上。没多久，果然望见高欢提着剑走进来。大尔朱皇后不等高欢开口，就正色诘问道：“你就是高欢？我父亲一手提拔，你才有今天的荣华富贵，没想到你竟然恩将仇报，杀死我的伯父、兄弟。现在又闯进宫来，是想杀我姑侄二人吗？”高欢见她柳眉耸翠，杏靥敛红，秀丽中露出一种威严气象，不由得有些生畏，又有些钦慕；又见旁边的小尔朱皇后，颤动娇躯，呜呜咽咽，别有一种惹人怜爱的风情。当下高欢的一腔怒气，化为乌有，对大尔朱皇后说：“我怎么敢忘记尔朱荣将军的恩德呢？我会与你们共享富贵的。”说完，便把宫人叫进来，让她们好好伺候两位皇后，并派兵保护宫禁。出宫后，高欢忙与部将、僚属商议废立魏主的事情，部将都不发一言。高欢随即朗声说：“孝文帝元宏是一代贤君，他怎么能无后呢？现在，他的子嗣仅存汝南王元悦。但他人在江南，不如派人把元悦接回来，让他承袭大位。”部将唯唯应命，高欢当即派人南下迎接元悦。
斛斯椿私下对贺拔胜说：“现在是个好机会。如果我们不先发制人，就得受制于人。应该赶紧对高欢下手，斩除后患。”贺拔胜劝阻道：“他是上天派来扭转时局的人物，现在正是他功勋卓著的时候，杀了他，恐怕不详。”斛斯椿刚开始不同意，但在贺拔胜的再三谏阻下，便也作罢。
光阴似箭，转眼间一个多月过去了，汝南王元悦已从江南来到洛阳。高欢却又不愿拥立元悦为帝，说他近男色，性情狂暴，不配继承大统。于是从乡间找出孝文帝的孙子平阳王元修，即广平王元怀的第三个儿子，拥立他为帝。
元修不得已登上帝位，颁诏大赦，改元太昌。任命高欢为大丞相、天柱大将军、太师，世袭定州刺史，又特意加封高欢的儿子高澄为侍中、开府仪同三司。尔朱党羽中的侍中司马子如与广州刺史韩贤二人，因与高欢是旧识，所以司马子如被召回京都，担任大行台尚书，韩贤任职如故。所有尔朱氏的官爵，一概被削夺。高欢另派东南道大行台兼尚书左仆射樊子鹄，与徐州刺史杜德追击尔朱仲远。尔朱仲远窜入萧梁境内，没过多久病死江南。樊、杜二人随即又从萧梁手中夺回谯城。
高欢因谯郡已平定，便想回到冀州，但想到贺拔岳雄踞关中，也是一个隐患。于是他恳请魏主调任贺拔岳为冀州刺史。魏主元修当即派使者入关，宣召贺拔岳回朝。贺拔岳正要单骑入朝，右丞薛孝通问他说：“将军怎么就这么轻率地前往洛阳？”贺拔岳回答说：“我不怕天子，只怕高王！”薛孝通说：“高欢的确是个狠角色，能大破尔朱氏的百万大军，但他虽然威势显赫，却也不得人心。而尔朱兆虽已败逃，但他屯驻在并州的人马不下一万。高欢刚刚对内招抚群雄，对外抗击劲敌，自顾不暇，哪有什么闲工夫来争夺关中呢？将军现在占据这么好的地势，进可控山东，退可封函谷，怎么就甘愿受制于人？”贺拔岳当即起座，紧握薛孝通的手说：“你说得是！我决定不南行了。”随即让诏使回去，婉转地辞谢了朝廷的好意。
高欢无可奈何，只得整装回到邺城。走的时候，不忘带上大小尔朱皇后，和貌美如花的任城王妃冯氏、城阳王妃李氏。魏主元修亲自为他们饯行，三杯御酒，一鞭斜阳，天柱大将军高欢纵马向东北奔去，魏主元修随即回宫。
过了十几天，邺城中的尔朱度律及尔朱天光死在市曹。尔朱氏的子弟只剩下一个尔朱兆，从晋阳逃到秀容，负隅自固。第二年正月，尔朱兆被官兵逼近，自缢而亡。并州平定，尔朱军也被歼灭殆尽。只有尔朱荣的两个儿子尔朱文畅、尔朱文略被高欢带回，得以存活。